Palesztina magyarországi nagykövetsége az alábbi szervezeti egységekből áll:

Politikai részleg

A politikai részleg célja a Palesztina és Magyarország közötti kétoldalú kapcsolatok fejlesztése és előmozdítása. Célja hidak építése, különösképpen a közös érdekű ügyek terén. A részleg bemutatja a palesztin kormány hivatalos álláspontját és nézeteit, valamint azon dolgozik, hogy több támogatást mozgósítson a palesztin ügy érdekében.

A politikai részleg szorosan együttműködik politikusokkal, parlamenti képviselőkkel, diplomatákkal, újságírókkal, közéleti személyiségekkel, akadémikusokkal, valamint Budapestre akkreditált nagykövetségekkel. Emellett a politikai részleg feladata a Magyarország és Palesztina közötti különböző területeken megvalósuló együttműködés erősítése és fellendítése minden szinten. A részleg feladata továbbá a két ország közötti együttműködések további bővítését célzó új ötletek és kezdeményezések bevezetése a kölcsönös és közös érdekek mentén.

Kultúra és gazdaság részleg

A Kultúra és gazdaság részleg kezeli a kulturális és gazdasági ügyeket. A részleg küldetése elsősorban a palesztin kultúra és értékek megértésének elmélyítése. Ennek alapján a Kultúra és gazdaság részleg csapata a magyar felek széles és sokszínű szegmensével dolgozik szoros együttműködésben, köztük hivatalos és nem hivatalos szervezetekkel, kulturális szereplőkkel és civil társadalmi vezetőkkel. A részleg minisztériumokkal, egyetemekkel, iskolákkal, nem kormányzati szervezetekkel, egyesületekkel és másokkal is kapcsolatban áll.

Média részleg

A média részleg felel a média- és sajtóügyekért, tájékoztatást nyújt, valamint kifejti a Palesztina Állam által folytatott politikákat. A média részleg célja, hogy szoros kapcsolatokat alakítson ki a magyar sajtóorgánumokkal és feladata, hogy sajtómegjelenést generáljon Palesztina nagykövetsége programjainak és aktivitásainak. Sajtótájékoztatókat és eseményeket szervez, sajtóközleményeket, cikkeket és más média publikációkat ad ki, valamint eljuttatja a palesztin híreket Magyarországra.

Konzuli részleg

A Konzuli részleg kiszolgálja a palesztin polgárokat, és célja, hogy elősegítse az ügyleteiket. A részleg számos konzuli szolgáltatást kínál, többek között útlevél hosszabbítást, meghatalmazást, tanúsítást és hitelesítést, illetve egyéb szolgáltatásokat.